Berço nativo dos índios Carijós, o marco inicial do povoado foi a construção da Capela de São João Batista, em 1.759 no local denominado Itapocoroy (derivado do guarani "Itapocorá", cujo sentido define como sendo "parecido com um muro de pedra").

A região de Penha foi colonizada a partir do século XVIII com a invasão pelos espanhóis da Ilha de Santa Catarina (Florianópolis), por pescadores portugueses - na maioria açorianos - fugindo dos invasores e que procuravam novos locais para a caça e beneficiamento de baleias. A Armação do Itapocoroy tornou-se então sede, na época, de uma das maiores armações baleeiras do sul do Brasil.

A comunidade de Itapocoroy, por ter “status” de armação baleeira e sendo, portanto, um empreendimento particular, não pode ser elevada à freguesia durante o período em funcionamento como empreendimento empresarial.

Uma nova comunidade, criada a seis quilômetros da Armação por moradores deslocados de núcleos de Itapocoroy, teve progresso suficiente para ser elevada à categoria de freguesia em 23 de março de 1839, com o nome de Freguesia de Nossa Senhora da Penha do Itapocoróy. No século XIX a caça da baleia entrou em crise e foi substituída pela pesca artesanal e comércio rudimentar como subsistência.

Penha assume em definitivo a liderança como a sede da comunidade.

No dia 21 de junho de 1958 foi elevada à categoria de município, efetivamente instalado em 19 de Julho do mesmo ano.

Os primeiros dados populacionais são de 1840, quando tinha 1.640 habitantes e no século atual, em 1920 tinha 4.830 habitantes.

Seu desenvolvimento turístico teve início na década de 70 e hoje sua população gira em torno de 15 mil habitantes, chegando a passar dos 100 mil durante a temporada de verão. Uma nova fase do Município começou a ser vivida com a instalação do Beto Carrero World - maior parque temático da América Latina e quinto do mundo.

Penha, em expansão, vê surgir uma infra-estrutura na parte de hotelaria e restaurantes, enquanto cresce também a maricultura - cultivo de mariscos.

CRONOLOGIA HISTÓRICA

1715, fevereiro - Desembarque na Praia de Itapocoroy do Sargento Mor Manoel Gonçalves de Aguiar, com a missão de reconhecimento da costa catarinense, seguindo a pé até São Francisco do Sul, para capturar criminosos na região.

1739, 04 de outubro - O navio “Senhor dos Perdões e Sant’ana” com contrabando de bebidas, é apreendido por tropas do Governador da Capitania de Santa Catarina, após descarregar centenas de barris de aguardente e vinho na enseada de “Tapocoroya”. (denominação registrada do episódio).

1759, 27 de abril - Fundação da Capela de São João Batista, em Armação do Itapocoroy

1777, fevereiro - A invasão espanhola da Ilha de Santa Catarina resulta também em uma invasão de gente nova em Armação de Itapocoroy; portugueses que foram obrigados a suspender a pesca da baleia na Ilha, escolheram Armação do Itapocoroy para abrigar o complexo para a captura e beneficiamento e de baleia, entrando em funcionamento no ano seguinte.

1820 - Visita do notável sábio francês Auguste de Saint’Hilaire em Armação de Itapocoroy, a quem dedicou um capitulo especial em seu livro “Viagem à Província de Santa Catarina”.

1815, 30 de julho - O Arraial de Itapocoróy, então conhecido como Armação é elevado a Curato.

1825 - Construção da Capela Nossa Senhora da Penha,

1834 - Elevação a Distrito de São Francisco do Sul.

1835 - Criação do Distrito Judiciário, e o primeiro Juiz de Paz Luiz Rodrigues Ferreira.

1839, 23 de março - Criação da Freguesia de Nossa Senhora da Penha de Itapocoroy.

1860 - Designação de Penha, Distrito de Itajaí.

1900, 22 de novembro - Criação do Distrito Policial.

1958, 21 de junho - Conquistada a autonomia política, com a instalação do município em 19 de julho de 1958.